V roce 1993 byl Diagnostickým ústavem Ostrava zpracován projekt na zřízení Výchovného ústavu pro zdravotně handicapovanou mládež s pracovně výchovnou skupinou. Ten byl schválen věstníkem Ministerstva školství mládeže a tělovýchovy ČR (dále jen MŠMT) dne 19. 11. 1993.
Výchovný ústav byl zřízen z důvodu potřeby speciálního školského zařízení pro zdravotně handicapované děti v regionu Severní Moravy. Tento ústav měl dle projektu vzniknout osamostatněním pracovně výchovné skupiny (dále jen PVS) při Diagnostickém ústavu Ostrava.
V roce 1994 byly zahájeny organizační práce na realizaci projektu. Diagnostický ústav v Ostravě ve spolupráci s Magistrátem města Ostravy (dále jen MMO) začal hledat vhodný objekt pro toto školské zařízení. Jako sídlo byla vybrána budova bývalé školy na ulici Slezská v Ostravě-Hrabůvce, kterou zapůjčil Školský úřad v Ostravě.
Dne 1. 1. 1995 byl MŠMT zřízen samostatný Výchovný ústav pro zdravotně handicapovanou mládež s pracovně výchovnou skupinou jako příspěvková organizace s právní subjektivitou.
Kapacita ústavu činila 36 chlapců. Součástí ústavu byla také školní jídelna.
1. 9. 1999 se změnil název Výchovného ústavu pro zdravotně handicapovanou mládež s pracovně výchovnou skupinou na Výchovný ústav pro zdravotně handicapovanou mládež (dále jen VÚM).
K dalším změnám názvů zařízení docházelo: 1.1.2004 Výchovný ústav, 1.3.2006 Výchovný ústav a školní jídelna, 1.2.2011 Výchovný ústav Ostrava-Hrabůvka.
V roce 2000 bylo právo hospodaření k získané budově převedeno ze Školského úřadu v Ostravě na VÚM v Ostravě-Hrabůvce.
V roce 1996 byl VÚM Ostrava-Hrabůvka zpracován projekt na vznik Oddělení s ochranným režimem (pro chlapce). Důvodem vypracování projektu byla potřeba poskytnout individuální intenzivní péči obzvlášť nepřizpůsobivým a obtížně zvladatelným chlapcům. S pomocí MMO a Diagnostického ústavu v Ostravě byl pro tyto účely vybrán objekt bývalých kasáren v Polance nad Odrou–Osada Janová.
Právo hospodaření k části tohoto objektu bylo převedeno z Okresního úřadu Opava na VÚM Ostrava-Hrabůvka. Provoz oddělení byl zahájen dne 4. 9. 1997. Původní kapacita byla 6 chlapců a po celkové rekonstrukci v roce 1998 byla zvýšena na 18 chlapců (2 výchovné skupiny).
Dne 16. 3. 2003 byla činnost oddělení zřizovatelem pozastavena z důvodu nutnosti zpracovat novou koncepci a nový vnitřní řád v souladu s novými právními normami. Činnost oddělení byla znovu zahájena 1. 2. 2004 pod názvem Oddělení pro děti vyžadující soustavnou intenzivní individuální péči. Kapacita zařízení byla 12 chlapců (opět 2 výchovné skupiny).
Z důvodu neexistujícího speciálního školského zařízení pro dívky v regionu Severní Moravy byl VÚM na podnět Diagnostického ústavu Ostrava zpracován projekt na zřízení odloučeného pracoviště oddělení pro dívky. Vhodným objektem se pro tyto účely stala budova Diagnostického ústavu Ostrava v lokalitě města Frýdek-Místek.
Provoz oddělení byl zahájen dne 2. května 2002.
V roce 2002 bylo převedeno právo hospodaření k této budově z Diagnostického ústavu Ostrava na Výchovný ústav pro mládež Ostrava-Hrabůvka.
Od 1.9.2016 zahájen provoz bytu na adrese nám. Vítězslava Nováka 8, Ostrava-Poruba.
Od 1.2.2018 změna odd. Ostrava-Hrabůvka na odd. pro chlapce a dívky, změna odd. Frýdek-Místek na odd. pro dívky vyžadující soustavnou intenzivní individuální péči, změna odd. Polanka nad Odrou na odd. pro chlapce vyžadující soustavnou intenzivní individuální péči.
Rekonstrukce, opravy, výstavba
rok 1995
– oprava střechy, oprava a výměna oken (odd. Hrabůvka)
rok 1996
– upraveno členění interiéru budovy / rozčlenění větších ubytovacích jednotek za menší za účelem snížení počtu dětí na pokojích (odd. Hrabůvka)
rok 1997
– oprava finského domku pro ubytování chlapců (odd. Janová)
rok 1998
– rekonstrukce zděné budovy (odd. Janová)
rok 1998
– provedena plynofikace kotelny (odd. Hrabůvka)
– dokončena úprava dílny včetně elektroinstalace (odd. Hrabůvka)
rok 2000
– vybudován sportovní areál na zahradě VÚM (odd. Hrabůvka)
– kompletně zrekonstruovány koupelny a WC dětí a zaměstnanců (odd. Hrabůvka)
rok 2001
– oprava elektroinstalace (odd. Hrabůvka)
rok 2002 – 2003
– rozsáhlá rekonstrukce budovy a přilehlého objektu prádelny (odd. Hrabůvka)
– vybudování ubytovacích kapacit pro plánovanou 4. výchovnou skupinu (odd. Hrabůvka)
rok 2004
– rekonstrukce elektroinstalace (odd. Hrabůvka)
– rekonstrukce školní jídelny (odd. Hrabůvka)
rok 2008 – 2010
– výstavba areálu oddělení Janová
rok 2009 – 2010
– rekonstrukce a nástavba oddělení Frýdek-Místek
rok 2014, 2015, 2016
– úprava obýváků výchovných skupin – nové podlahy, kuchyňské linky, nábytek (odd. Hrabůvka)
– úprava vestibulu, místnosti botárny, dispoziční úprava chodby mezi výchovnými skupinami (odd. Hrabůvka)
– provedena pokládka nové podlahy ve vychovatelnách a kancelářích (odd. Hrabůvka)
rok 2017
– stavebně technické úpravy interiéru budovy odd. Frýdek-Místek, vybudování venkovního hřiště, výstavba nového oplocení areálu z důvodu změny zaměření odd. na dívky s extrémními poruchami chování
rok 2018
– stavební a dispoziční úpravy služebního bytu v budově odd. Hrabůvka na ubytovací prostory pro děti, rozšíření počtů pokojů pro děti